数据非依赖性扫描模式(Data-independent acquisition, DIA)是基于静电场轨道阱Orbitrap带来的一项全新的、全息式数据非依赖性采集定量技术，是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式。该技术将传统蛋白质组的高通量和质谱绝对定量MRM/PRM的精确定量及高重复性等优点集于一体。
    
通过液质联用技术（LC-MS/MS）将质谱整个全扫描范围分为若干个窗口，高速、循环地对每个窗口中的所有离子进行选择、碎裂及检测，从而无遗漏、无差异地获得样本中所有离子的全部碎片信息；无需指定目标肽段，扫描点数均匀，利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选，并可实现数据回溯。

基础医学：疾病标志物，发病机制，疾病分型等；

生物医药：药物机理，药效评价，药物开发等；

农林畜渔：抗逆胁迫，生长发育，耐药，致病机理等。

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Bi F.F. et al: METTL9-SLC7A11 axis promotes hepatocellular carcinoma progression through ferroptosis inhibition. Cell Death Discov. 2023. IF=7. 使用技术：DIA全息扫描定量、dia实验检测

蛋白组/代谢组实验

❶ iTRAQ 定量蛋白质组学

❷ Label Free 实验检测服务

❸ LC-MS/MS 蛋白质谱鉴定

❹ DIA 全息扫描定量蛋白质
❺ 广泛靶向代谢组学

蛋白/核酸相互作用实验

❶ GST pull down

❷ RNA pull down

❸ DNA pull down

❹ Co-IP 免疫共沉淀

❺ TAP-MS串联亲和纯化

分子细胞生物学实验

❶ 基因调取/合成 (cDNA克隆)

❷ 荧光定量PCR (qPCR)

❸ 载体构建实验服务

❹ miRNA靶基因验证
❺ 慢病毒包装

科研产品

❶ 哺乳动物细胞表达载体

❷ 人cDNA克隆库

❸ 慢病毒表达载体

❹ 慢病毒干扰载体

抗体工程服务

❶ 单克隆抗体测序

❷ 抗体从头测序

❸ 抗体表达服务

❹ 重组抗体表达

实验试剂盒

❶ RNA pull down 试剂盒

❷ GST pull down 试剂盒

❸ COIP 试剂盒

❹ Flag 试剂盒

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Jarrett D. et al:Multiplexed peptide analysis using data-independent acquisition and Skyline.

Nature protocols. 2015, IF=17.021

中文标题：基于数据独立采集和Skyline的多肽分析

运用技术：DIA非标定量蛋白质组学

● 内容概述

本研究描述了在Q-Exactive质谱仪上使用数据独立采集(DIA)在Skyline靶向蛋白质组学环境下检测和定量复杂混合物中的多肽。DIA对MS/MS光谱的系统获取与DDA相反，DDA获取的MS/MS光谱只适用于鉴定一组随机采样的多肽。与选择性反应监测(SRM)类似，可以使用有针对性的色谱提取从DIA数据中定量多肽。与SRM不同，数据采集不限于预先确定的一组目标肽。在该方案中，使用数据依赖采集(DDA)生成光谱库，并从库中所有肽的DIA数据中提取色谱图。与SRM类似，DIA数据的定量是基于提取的MS/MS色谱图曲线下的面积。此外，还详细介绍了一种适用于DIA的基于目标MS/MS采集的质量控制方法。

● 方法流程

数据独立获取(DIA)是一种相对较新的基于质谱的技术，用于系统收集串联质谱数据。DIA获取的数据集被描述为样本的“分子快照”，因为该数据可以查询任何可检测到的肽，既可以监测多肽的存在，也可以监测样品中多肽丰度的变化。因此，DIA非常适合研究人员需要测量数百种(或更多)蛋白质的应用，或者研究人员希望在不需要获取额外数据集的情况下灵活地研究多个假设的应用。本研究描述了如何使用DIA获取和分析用于肽分析的质谱数据。与选择性反应监测(SRM)或平行反应监测(PRM)等靶向采集方法相比，DIA的方法设置更简单，后者需要复杂的程序来测量约50个以上的肽。

DIA几乎只用于“自下而上”的质谱分析，即在分析之前使用蛋白水解酶(例如胰蛋白酶)将蛋白质消化成多肽。与完整蛋白质相比，合成的多肽降低了理化多样性，简化了样品制备，提高了质谱灵敏度(图1)。消化后，肽通过反相高效液相色谱(RP-HPLC)分离，并通过电喷雾电离(ESI)接口直接发射到质谱仪。在捕集仪器(如Q-Exactive)上，传输到质谱仪的离子在短时间内被收集，并通过质谱(MS)或串联质谱(MS/MS)进行分析。

没有“一刀切”的DIA方法。设计最佳DIA方法的一些关键考虑因素是样品复杂性、色谱条件、所使用的质谱仪以及所需的灵敏度。DIA方法的许多参数可能需要根据实验进行调整。DIA方法的一些关键性能特征包括：MS/MS隔离宽度、色谱采样率、M/Z覆盖范围、分辨率、质量精度、AGC目标和最大离子注入时间、样品注射次数等。